Í Flataskóla er áhersla lögð á gott stuðningsnet við nemendur. Kennsla er skipulögð með ýmsum hætti til að koma til móts við ólíkar þarfir nemenda m.a.:
Fjölbreytta kennsluhætti til að koma til móts við þarfir hvers og eins
Færnimiðað nám í markvissri málörvun og lestri
Lotukennsla í list- og verkgreinum
Misstórir námshópar
Samvinna innan árgangs og milli árganga
Sérkennsla nemenda samkvæmt greiningu sérfræðinga og greinandi skimunarprófum, ábendingum ýmissa aðila, svo sem leikskólakennara, talmeinafræðings, kennara, deildarstjóra og foreldra.